源泉徴収税および復興特別所得税の納付、もう済みましたか？
— 起業者のための電子申請・納付ガイドシリーズ —
いわゆる「年末調整」と呼ばれる一連の作業ですが、起業者・一人法人の場合、年明け早々にやるべき実務がいくつかあります。
会社設立後、税務署から封書が届いている方も多いと思いますが、主に次の 2つの提出物が求められます。
- 給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書（1/13 または 1/20 期限）
- 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表（2/2 期限）
本投稿は、来年の自分への忘備録も兼ねて、
まず 1.の「所得税徴収高計算書」 に関する 電子申請・納付（e-Tax） の流れを整理したものです。
なお、これらはいずれも「年末調整」という活動の最終アウトプットですが、本シリーズでは
士業に依頼せず、起業者が自力で電子申請・納付するための実務ガイドとしてまとめています。
前提条件と利用ツール
今回は、私が実際に使っている
freee会計（ひとり法人プラン）＋ freee人事労務 を前提にしています。
上位プランや他社会計ソフトでは、申告用の XML / CSV まで出力できるケースもありますが、
ひとり法人プランでは 最低限のデータ表示とPDF出力のみです。
とはいえ、
- freeeで年末調整まで完了
- 表示された数値を e-Tax / eLTAX に手入力
この流れで、自宅から問題なく電子申請・納付まで完結できます。
どうぞご安心ください。
※ e-Tax / eLTAX は事前利用登録が必要です
（私の場合は閑散期で数日、通常は1週間程度かかることもあるようです。
期日が迫っている場合は、窓口申請への切り替えも検討が必要です）
期限の確認（ここ重要）
- 納期の特例を税務署に申請済みの場合
→ 1/20 までに納付すればOK - 納期の特例を使っていない場合
→ 1/13 期限です。お急ぎください。
freee 側で事前に整っているべきこと
以下が正しく処理されていることが前提です。
- freee人事労務で
- 代表社員（役員報酬）
- 従業員（いれば）の給与計算
- 源泉徴収税の計算
- 転職者がいる場合
- 前職分の給与・賞与・源泉徴収額を
従業員詳細画面に入力済みであること
- 前職分の給与・賞与・源泉徴収額を
その上で、
**年末調整（扶養・保険控除・住宅ローン控除など）**を
freeeのインストラクションに従って入力すれば、
年末調整後の税額が自動計算されます。
所得税徴収高計算書の確認（freee）
操作パスは以下です。
freee会計
→ 給与計算
→ 年末調整（freee人事労務）
→ 書類
→ 所得税徴収高計算書
正直なところ、
画面表示のみで非常に不親切なのですが、
この内容をコピー保存し、手元資料として使います。
私の場合は
「俸給・給与」項目のみで、極めてシンプルでした。
（他項目があっても、計算自体は freee に任せて問題ありません）
① 給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書
（e-Tax での申請・納付）
Step1：e-Tax にログイン
※ 2026年1月時点では
Mac環境での動作が不安定な場面があり、
Windows PC での作業を推奨します。
操作パス：
①申請・納付手続きを行う
→ 新規作成
→ 給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書
（一般 または 納期特例分）
あとは、画面指示に従って
freeeで確認した数値を転記していくだけです。
Step2：入力エラーが出たら
e-Taxの公式チャットボットは、正直あまり役に立ちません。
その場合は、
AI（例：Geminiなど）を横に開いて質問するのが実務的におすすめです。
例：
「e-Taxの給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書で
この項目にエラーが出ていますが、どう入力すれば良いですか？」
かなり的確な回答が返ってきます。
Step3：申請完了 → 電子納付
申請送信が完了したら、
- ②メッセージボックスを確認
- ③申請受理完了を確認
- 電子納付
納付方法は、
- インターネットバンキング
- クレジットカード
- 銀行振込 など
私は インターネットバンキングで即時納付しました。
余談：私の失敗談
実は今回、
eLTAX側での処理中にMacの認証エラーで止まり、
念のため e-Tax側から直接申請・納付を行いました。
結果として 二重申請状態になりましたが、
一方が正常に納付済みであれば、
もう一方は放置で問題ないとのことでした。
（同じような状況の方がいれば、ご参考まで）
次回予告
次回は、
2. 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表（2/2期限）
を eLTAX でどう処理するか をまとめる予定です。
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